Det, der ikke må ske, sker, og Bamse står over for en ny udfordring, når tordenhonningen ikke længere kan tilberedes.
Bedstemor har opbevaret den vigtige ingrediens tordenkulen oppe på sit loft, som nu er blevet ramt af en voldsom brand forårsaget af de frække Ulve-fætre. Bamses venner Lille Skutt og Skalman påtager sig straks opgaven med at skaffe nye tordenskyder, så mormor kan tilberede den honning, der gør Bamse stærk.
Mens jagten på nye tordenbolte fortsætter, skal Bamse lære at bare være sig selv. Da han ikke længere har nogen superkræfter til sin rådighed, er han helt udeladt og må stole på sig selv for at forhindre nye forbrydelser.
I Bamse och dunderklockan får børnene vigtige indsigter i at være sig selv, at det at være venlig rækker langt og vigtigheden af at stå op for sine venner. Bogen tager også børnene med på en opdagelsesrejse i naturen.